El siglo XXI se encontró con que el debate sobre las autonomías había tomado cuerpo y lo que parecía un sueño de algunos pocos, se ha convertido en una realidad en la Asamblea Constituyente (2008-2009), cuando reconoce la potestad de autogobernarse en procura de cambiar la historia de nuestros pueblos. La Ley Fundamental (arts. 269-276) ha configurado el modelo del Estado plurinacional unitario con autonomías, y una división territorial del poder, donde los órganos ejecutivos y legislativos de los gobiernos autónomos forman parte de la distribución y ejercicio del poder público porque se les reconoce cualidad gubernativa.

  La Constitución boliviana define, en efecto, que “la autonomía implica la elección directa de sus autoridades por las ciudadanas y los ciudadanos, la administración de sus recursos económicos, y el ejercicio de las facultades legislativa, reglamentaria, fiscalizadora y ejecutiva, por sus órganos de gobierno autónomo en el ámbito de su jurisdicción y competencias y atribuciones”. Esta conquista política busca, en general, la distribución del poder político y reconoce la existencia de distintos niveles gubernativos en el territorio: un gobierno nacional y varios gobiernos autónomos, con facultades ejecutiva, legislativa, reglamentaria y fiscalizadora.

El Tribunal Constitucional ha establecido que la autonomía en Bolivia se encuentra diseñada como la cualidad gubernativa que adquiere una entidad territorial —departamental, municipal, regional, indígena originario campesina—, cada una de ellas con rango constitucional e igualdad jerárquica entre las entidades territoriales autónomas (SCP 1250/2012 de 20 de septiembre).

La autonomía indígena, según Kuppe, ha sido definida como un mecanismo para permitir a grupos étnicos o a otros grupos reclamar una identidad propia para ejercer el control directo sobre asuntos relevantes para ellos, al mismo tiempo permitiendo a la entidad más amplia mantener los poderes sobre los asuntos de interés común (KUPPE, RENÉ, Autonomía de los pueblos indígenas – la perspectiva desde la Declaración sobre los derechos de los pueblos indígenas). Y concluye que para considerar un territorio como “plenamente” autónomo, éste debería contener un cuerpo legislativo, constituido en base a elecciones locales, libres e independientes; un poder ejecutivo, elegido y constituido a nivel regional; y un poder judicial, con jurisdicción sobre asuntos locales.

Hay que tomar en cuenta que la instalación de una autonomía se efectúa por la devolución de poderes estatales —legislativos, administrativos y judiciales— al ente autónomo. Los poderes autónomos tienen así su fundamento en un acto de delegación de funciones públicas por parte del Estado.

El reconocimiento de las instituciones indígenas, como fundamento de su autonomía, corresponde a las distintas dimensiones de los derechos de los pueblos indígenas: Primero, se trata de una restitución del poder político a los pueblos indígenas, que han sido reprimidos, por la instalación colonial de las estructuras estatales en los territorios donde ellos existían. Por esto, mediante el reconocimiento de tal autonomía se efectúa de jure una descolonización. Segundo, esta restitución del poder político y, por lo tanto, esta descolonización, ocurre por medio de las instituciones propias de los pueblos indígenas. Tercero, se permite a los pueblos indígenas, igualmente como a los otros pueblos, el control sobre el marco político que rige su destino y su desarrollo.

El reconocimiento de la libre determinación (y de la autonomía como forma de ejercer este derecho), basándose en la lógica del discurso de los derechos humanos es una extensión del proceso de la descolonización no solo política, sino también cultural. Tal descolonización de los pueblos indígenas no está dirigida contra el colonialismo internacional solamente, por cuanto se trata más bien de un proceso que debe superar el colonialismo interno en los Estados independientes, para establecer una relación horizontal y equilibrada entre los pueblos indígenas y el Estado. Continuará