El Consejo de la Magistratura se encarga del régimen disciplinario del Órgano Judicial, del control y fiscalización de su manejo administrativo y financiero, y de la formulación de políticas de gestión (art. 193 CPE).  Está compuesto por cinco (5) miembros y desempeñarán sus funciones por un período improrrogable de seis (6) años, computable a partir del día de su posesión y, entre todas las autoridades judiciales, sólo los Consejeros podrán postularse nuevamente transcurrido un periodo constitucional. Se regirá por el principio de participación ciudadana, cuya conformación, estructura y funciones estarán determinadas por la ley. 
A título de “descolonizar la justicia”, se ha eliminado la potestad administrativa del Consejo, con lo cual no sólo se frenó el proceso de reforma institucional del Órgano Judicial (reforma constitucional de 1994), sino también supuso un verdadero retroceso histórico porque el control administrativo y económico ha vuelto implícitamente al Ejecutivo. En realidad, si los constituyentes (2006-2009) hubieran tenido la voluntad política para transformar y cualificar la administración de justicia, tenían que haber asignado en la Constitución ?entre otras cosas? una partida fija del Presupuesto General de la Nación (que, en ningún caso, debería estar por debajo del 3% del total), en la dirección del decreto ley Nº 07180 de 23 de mayo de 1965.
El Constituyente parecía convencido y esperaba que se haya resuelto la profunda crisis estructural, que existe desde siempre. Sin embargo, no sólo que no se han obtenido los resultados que se esperaban, sino que los problemas han aumentado, al extremo que se ha llegado al colapso del sistema judicial, con toda la carga negativa que ello supone. La creación de esta estructura administrativa, por sí sola no ha conseguido (ni conseguirá) la independencia judicial, menos resolver el “cerco económico”, la capacitación y jerarquización de los recursos humanos. No ha existido un antes y un después; el manejo económico-financiero sigue siendo el mismo que tenía la exCorte Suprema de Justicia, salvo, por supuesto, haber aumentado la burocracia que termina consumiendo los escasos recursos económicos, en desmedro de los jueces y tribunales que son la razón de ser del Órgano Judicial. 
Los consejeros tenían que trabajar y buscar: a) Transformar la administración de justicia; b) Fortalecer la independencia judicial; c) Perfeccionar los mecanismos alternativos de resolución de controversias en la mayoría de las materias; d) Activar la carrera judicial y mejorar la educación legal de los abogados; y, c) Crear canales para que vastos sectores de la población, ahora excluidos, tengan acceso a la justicia. 
En general, existe una insuficiente asignación presupuestaria para: i) Brindar suficiente cobertura del sistema judicial con creación de nuevos juzgados; ii) Dotar oportunamente de material e insumos de trabajo a los operadores del sistema judicial, con tecnología de punta; iii) Sostener programas de capacitación y actualización permanente; y iv) Sistematizar y distribuir oportunamente información. También existe una inapropiada  organización territorial e institucional del Órgano Judicial; es decir, la organización territorial responde a los criterios eclesiásticos de la época colonial, y del viejo Estado unitario centralizado, lo que hace que los juzgados y tribunales estén concentrados en las capitales de departamento, y se discrimine a los gobiernos municipales. Tampoco ha tomado en cuenta los diferentes niveles de gobierno: el nacional, el departamental, el regional autónomo, el indígena y el municipal.  
A todo esto se suma la inapropiada y deficiente formación profesional en las universidades (públicas y privadas). El diseño curricular se muestra obsoleto, no responde a la realidad post pandemia del Estado boliviano. 
Se forman profesionales sin conciencia social, con una visión monocultural de la sociedad, un elevado énfasis en el derecho privado, con graves deficiencias en el ámbito epistemológico y deontológico, sin las suficientes habilidades en el razonamiento jurídico, y el manejo de los principios universales que se requieren para lograr la justicia material.