Flores fue magistrado del Tribunal Constitucional y fue cuestionado por avalar la reelección indefinida del presidente Evo Morales.

“Mediante la presente tengo a bien comunicar, para su conocimiento y fines consiguientes, que la señora Fabiola Elena Meneses Gómez, Jefe de Unidad de Análisis Jurídico, asumirá funciones como Directora General de Asuntos Jurídicos a.i. a partir del 12 de junio del año en curso, hasta la designación del nuevo titular”, se lee en la nota interna emitida por la directora general de Asuntos Administrativos, Martha Patricia Arcani Acarapi.

Flores fue posesionado en la Dirección de Asuntos Jurídicos el 15 de febrero de este año en medio de críticas de legisladores de la oposición que consideraron la designación como “un pago” del Gobierno por el respaldo a la reelección indefinida de Morales.

El 29 de noviembre de 2017 se conoció que el Tribunal Constitucional Plurinacional (TCP) con la Sentencia Constitucional 0084/2017 habilitó a Evo Morales, al vicepresidente Álvaro García Linera y a todas las autoridades electas a repostularse de manera indefinida.

Con el fallo, el TCP declaró procedente la Acción de Inconstitucionalidad Abstracta presentada por los legisladores del MAS Nélida Sifuentes, David Ramos, Nelly Roso, Aniceto Choque, Ana Vidal, Julio Huaraya, Felipa Málaga, Ascencio Lazo, Juan Vásquez, Edgar Montaño y los opositores disidentes Víctor Gutiérrez y Santos Paredes, en septiembre de 2017.

El 21 de mayo, el diputado opositor Amílcar Barral denunció que la esposa de Flores, Roxana Eneida Rojas Lozano, fue designada cónsul en Bruselas y calificó el hecho como nepotismo. La designación de Rojas se produjo el 15 de marzo, un mes después de que Flores asumiera el cargo jerárquico.