La cadena de custodia tiene que ver con las medidas de protección y el sistema de monitoreo en tiempo real de materiales electorales sensibles como son las papeletas, hojas de trabajo, actas y otros documentos en tres etapas sucesivas: diseño y producción, distribución a los Tribunales Electorales Departamentales (TED) y representaciones del TSE en el exterior, y disposición del material electoral al finalizar la jornada de votación.

La Dirección Nacional de Tecnologías de la Información y Comunicación (DNTIC) del TSE ha puesto en marcha al menos tres sistemas de monitoreo de los materiales y de las actividades realizadas a lo largo del proceso.

Un sistema de monitoreo permanente controla en tiempo real el traslado y la ubicación del material electoral. Simultáneamente, mediante un aplicativo instalado en su teléfono celular, los notarios electorales reportan su ubicación, en qué condiciones entregan los materiales en los recintos y cómo devuelven las actas y el material sobrante a los centros de cómputo y TED. Adicionalmente, se empleará un dispositivo de monitoreo a distancia de los efectivos de la Policía y de las Fuerzas Armadas que custodian el traslado de maletas en zonas urbanas y rurales.

Se han definido protocolos para las labores de custodia en la primera etapa, que contempla el traslado de papelas, actas, listas índices y cartones desde la planta de producción hasta el Centro Operativo Logístico (COL) a cargo del TSE o los Centros Logísticos Departamentales (CLD) al mando de los TED; el despacho de material electoral desde el COL hasta los CDL y el traslado del material electoral de los CDL a los recintos electorales.

Cuarenta y ocho horas antes de la votación en zonas rurales y 24 horas antes en áreas urbanas, los notarios electorales trasladarán la maleta electoral desde los Centros Departamentales Logísticos hasta los recintos electorales.
El día de la votación se monitorean cinco momentos: 1. entrega de la maleta electoral al jurado electoral, 2. apertura de la mesa de sufragio, 3. cierre de la mesa, escrutinio, conteo y cierre de actas electorales, 4. entrega de documentos del sobre de seguridad A (acta electoral, lista de habilitados e inhabilitados y hojas de trabajo) en el Centro de Cómputo departamental, y 5. Devolución del material sobrante a los TED en los sobres de seguridad B (boletas utilizadas el día de la votación), y C (útiles, papeletas de sufragio no utilizadas y otros).

En el Centro de Cómputo, un operador del área de logística electoral recibirá el sobre A, registrará la fecha y hora de recepción en el sistema de monitoreo, imprimirá el acta de recepción y enviará el sobre cerrado al depósito en custodia administrado por Secretaría de Cámara. Con esta actividad se cierra la cadena de custodia y se da inicio al cómputo oficial.