Desde comienzo de siglo, Alfaro se convirtió en el referente del MAS en Tarija, junto a Julia Ramos, siendo el dirigente de la Federación Sindical Única de Comunidades Campesinas de Tarija (Fsucct) que más tiempo duró en el cargo. En 2005 candidateó como aspirante a Prefecto sacando un digno 27% cuando el MAS apenas existía en Tarija, y en 2009 fue el primer diputado plurinacional en la lista del MAS para la Asamblea Legislativa Plurinacional, donde ocupó varios cargos y presidencias de comisiones de relevancia.

A finales de 2014, cuando quedó fuera de la renovación y en medio de críticas hacia el gestor interino Lino Condori, que quedó al cargo de la Gobernación tras la suspensión de Mario Cossío, Alfaro decidió apartarse del partido argumentando que había demasiada injerencia de «las roscas de siempre».

Entonces candidateó a la Gobernación con Tarija Para Todos (2015), sacando un 13 por ciento en primera vuelta, lo que le sirvió para ser decisivo en la segunda vuelta, donde decidió apoyar a Adrián Oliva. En su gabinete ocupó la cartera de secretario de Gobernación, que abandonó en 2017 luego de constatar una falta de voluntad para implementar la agenda campesina que él proyectaba.

Alfaro indicó que «no represento a nadie» y que apenas es Presidente de la Junta Escolar de la comunidad de San Andrés, pero que consultará con sus bases el camino a seguir y responderá de manera escrita a esta solicitud el jueves.