La percepción actual de la lógica dual espacial (hanan y hurin, älasaya y mäsaya) en el ayllu, son meros restos de organización espacial de los territorios andinos, lo que quedó después de la administración colonial y la república, pero aun tratando de sobrevivir al paso del tiempo y el roce con la moderna sociedad capitalista globalizante. Pero los estudios etnográficos de contexto, nos muestran la conformación del ayllu con mucha complejidad diversificada; así tenemos el estudio de Dominique Temple, que en su teoría del qui-pro-qu, muestra los valores de la solidaridad y la reciprocidad en el intercambio de dones (de dar, recibir y devolver) dentro las personas que conforman el ayllu. Gilles Reviere, nos muestra la forma cuadripartita del espacio territorial tradicional del ayllu en los Carangas asumida dentro los preceptos coloniales y republicanos. A esto se añade la noción del taypi de los ayllus como "el centro" articulador del gran territorio provincial que nos explica Theresse Bouysse-Cassagne y Olivia Harris; estas autoras nos explican la forma anatómica humana que configura el espacio de la Marka conformada por varios ayllus complementarios y el taypi llega a constituirse en el ombligo. Otras formas de integración de los ayllus, es a partir de la deliberación del tinku o encuentro de los ayllus estudiado por Tristán Platt. Algo similar pero destinado a entidades del espacio consagrado del ayllu, es el yanantin o hermano(a) complementario de una deidad, estudiado por Frank Salomón en la sierra peruana. Sobre las formas de justicia dentro el ayllu, Marcelo Fernández nos explica las formas de procedimiento a partir de ciertos ritos, permisos a entidades espirituales y sobrenaturales hasta antes de emitir una sanción. Fernando Untoja, en su retorno al ayllu, analiza las dos formas de producción económica dentro el ayllu: la de reciprocidad y la de intercambio; la primera, con preceptos costumbristas tradicional genuinas, y la segunda con nociones capitalistas de contacto en las ciudades. Este autor hace una crítica al primer orden, de "reciprocidad armónica", como una suerte de economía estacionaria o de subsistencia, dando énfasis más a la segunda como exploración y recreación económica.

Una forma de estructurar el ayllu, como lazo de parentesco y de alianza étnica, es a partir de un juego llamado ayllus. Esta forma de proceder han sido estudiados desde la etnohistoria en los últimos años por Jan Szemiñski, Mariusz Ziólkowski y Genaro Huarita, como apuestas en la obtención, tenencia y redistribución de tierras para la conformación territorial de otro grupo de personas tributarias en un nuevo espacio territorial. Es muy interesante observar en estos estudios, de cómo en la antigua sociedad andina, el territorio del ayllu se iba re-estructurando, recreando y renovando constantemente, no era estacionaria o conservadora como tratan de hacerlo ver algunos ideologizadores indigenistas; más al contrario, era muy dinámica.

La administración colonial con las encomiendas y parroquias, desconociendo este complejo sistema de organización territorial de los ayllus, prácticamente lo ha destruido en parte o por completo en varias regiones del Tahuantinsuyo. El cronista indígena Felipe Guamán Poma, a principios del siglo XVII, planteaba en su extensa crónica graficada dirigida al Rey Felipe, un proyecto político de autonomía para la nación indígena. En su crónica hace un reclamo nostálgico sobre los abusos de los corregidores, clérigos y los servicios obligatorios de la mita minera; decía que -los indios se acaban y presta remedio-, pide crear una república de indios con leyes y gobiernos propios basados en el ayllu como solían hacerlo antiguamente; y los españoles, clérigos, mestizos, negros y entre otros no tendrían que ingresar a estos territorios para nada; los ayllus autonómicos tendrían directa obediencia al Rey de España y no a las autoridades españolas del Perú. Guamán Poma en su largo peregrinaje de Ayacucho a Lima, con su crónica buscaba una redención clamada por todos los estratos nativos del Tahuantinsuyo. Este es el primer proyecto político de Autonomías Indígenas basadas en el principio del ayllu y fue escrita a fines del siglo XVI y terminada a principios del XVII (año de 1613). La autonomía indígena originario campesinos, se fundamentan en el ayllu.