Recordemos que ante las suspicacias surgidas por la interrupción del conteo, el posterior cambio de tendencia de la votación y el silencio de las autoridades electorales, el Gobierno solicitó formalmente la realización de una auditoría integral a los comicios en los que Evo Morales terminó ganado en primera vuelta por una mínima diferencia para evitar el balotaje.
El Gobierno sostuvo que los resultados de esta auditoría irían a ser vinculantes y se irían a respetar, a pesar de que la oposición no fue consultada sobre las condiciones de dicho estudio.
El director de Observación Electoral de la OEA resaltó que la auditoría fue realizada por un equipo técnico especializado en estos estudios y diferente al de la Misión de Observadores que acompañó la elección.
Según De Icaza, el trabajo realizado por los auditores permitió cuatro hallazgos fundamentales.
1)    Hallazgo: Sistemas de transmisión de resultados y cómputo definitivo viciados.
Contrariamente a lo aconsejable, el flujo de datos llegó por dos vías diferentes que no estaban controladas por la empresa auditora. No existe un documento que describa lo ocurrido y establezca la causa; no  hay un detalle minucioso de las personas que actuaron en tal situación y qué rol desempeñaron. Se hallaron residuales en bases de datos desactualizadas y otras versiones de la aplicación electoral en servidores perimetrales, lo que está reñido con las buenas prácticas. No se preservó la meta data, es decir los datos de las imágenes recibidas de los teléfonos celulares, que es un elemento vital para la transparencia de un proceso de estas características. La aplicación no limitó el envío de actas a equipos que tuvieran la hora y la fecha correctas, debido a ello se recibieron actas que no estaban dentro de la vida útil del TREP.
En cuanto al cómputo oficial, las conclusiones expuestas por De Icaza señalan: “El testing de software que se utilizó no fue el apropiado, debido a ello subsistieron vulnerabilidades en la autenticación de la aplicación.  Asimismo, se constató que se detectaron fallas de software que obligaron a modificar el sistema, perdiéndose el control de la integridad. Por lo menos 1.575 actas del TREP ingresaron al cómputo oficial con modificación en el servidor, se accedió durante el proceso directamente a modificar datos de la base de datos sin utilizar la aplicación electoral”.  Finalmente, afirma que la empresa auditora no controlaba la integridad de las bases de datos.
2)    Hallazgo: Falsificación de firmas y alteración de actas 
Del análisis de 333 actas seleccionadas, se verificó que 78 de ellas, es decir un 23%, presentaban irregularidades desde el punto de vista pericial. En algunos en casos se verificó que todas las actas de un mismo centro habían sido llenadas por la misma persona. Hubo varias actas en las que el partido oficialista obtuvo el 100% de los votos; además que la participación en alguna de esas mesas alcanzaba al 100%, hecho que es imposible.
Se registraron 176 actas que habían sido escrutadas en Argentina, de las cuál es el 38% representa una inconsistencia con el número de ciudadanos que sufragaron; es decir las actas reflejaban un número mayor de votos que de votantes.
3)    Hallazgo: Cadena de custodia deficiente en los departamentos de Chuquisaca y Potosí
Parte del cómputo fue llevado a cabo en localidades diferentes a la votación. Si bien, ante algunas situaciones se podría justificar el cambio de recintos, de acuerdo a delegados de partido ellos no fueron informados sobre esto por lo que no pudieron presenciar el cómputo oficial. Expertos de la OEA  evidenciaron que ninguno de los cinco departamentos visitados tenía registros firmados ni constancia que acredite las acciones relacionadas al traslado de material electoral tanto durante la jornada de votación como en la etapa post electoral.
Se observó que no existen cuidados elementales en la cadena de custodia de material sensible. Dado que en Bolivia no existe el recuento de votos, el manejo de las actas es fundamental para  dar garantías al proceso el control.
4)    Hallazgo: Tendencia mostrada en el último 5% es altamente improbable
290 mil votos fueron computados en ese saldo porcentual. De estos votos, Evo obtuvo el  60.5%, mientras que Mesa sólo el 23,8%. En este 5 %, Evo subió un 15%, mientras que Mesa cayó un 15%; exactamente lo inverso: este comportamiento es muy improbable.
Como conclusión, en los cuatro elementos revisados: tecnología, cadena de custodia, integridad de las actas y proyecciones estadísticas, se encontraron irregularidades desde muy graves hasta indicativas. Se hizo una evaluación pormenorizada para cruzar información y garantizar que las irregularidades encontradas no fueran únicas y superficiales, y para que el equipo auditor pudiera tener conclusiones determinantes.
Conclusiones: En el sistema informático se presentaron fallas graves de seguridad, tanto en el TREP como en el cómputo final, además se detectó una clara manipulación del sistema TREP que afectó tanto a sus resultados como el computo final.
La existencia de 1.555 actas observadas corresponde a 350 mil votos. El margen de victoria en primera vuelta es menor a 40 mil votos, por lo tanto la irregularidad de estas dimensiones es determinante para el resultado.
La existencia de actas físicas con alteraciones o falsificadas,  también impacta la integridad del cómputo oficial: no hubo 10%  de diferencia entre ambos candidatos.
Por tanto, no se puede validar el proceso y se recomienda otros comicios con otras autoridades electorales.
Reacciones
Brasil: Rechaza los actos de violencia que atenten contra la estabilidad y defensa de la democracia y  llama a la paz social. 
EEUU: Sostuvo que es un reclamo ridículo el que una elección fraudulenta sea un golpe.Los ciudadanos lucharon contra un presidente que estaba obsesionado por mantenerse en el poder. La Fuerzas Armadas defendieron no solo a un presidente si no al pueblo.
Venezuela: La postura de las Fuerzas Armadas no suena a golpe. Se quedaron calladas, lo que corresponde a su deber constitucional. La incertidumbre y el desasosiego se venían presintiendo desde el referendo de febrero de 2016.
México: Se ha dado un grave quebrantamiento del orden constitucional en Bolivia. Deben quedar atrás los tiempos en los que el ejército ponía y deponía gobiernos. Frente a suceso de tal magnitud los pronunciamientos de la OEA deberían ser más enérgicos.
Uruguay: Esto es, a todas luces, un golpe de Estado cívico militar. ¿Cómo puede quedar tan desprotegido un presidente?
Nicaragua: La institucionalidad en Bolivia ha sido vulnerada; es un guión ensayado ya en otras partes de la América caribeña y del mundo.
Bolivia: Ante la dimisión del canciller Pary y el embajador boliviano ante la OEA, la representante boliviana hizo referencia a que las autoridades bolivianas se encuentran refugiadas en diferentes embajadas y solicitó a la OEA actúe de inmediato para proteger la vida de los bolivianos, exigir el respeto a los derechos humanos en Bolivia y contribuir a encontrar la paz. Solicitó que una comisión de la CIDH visite el país para analizar estas denuncias.