En la colonia, con la imposición de nuevos sistemas políticos, económicos, culturales y jurídicos, sin embargo, coexistieron dos tipos de justicia: la de los invasores y la de los pueblos indígenas.

Cuando emergen las nuevas repúblicas después del proceso independentista en toda Latinoamérica, la resolución de todo tipo de situaciones en el seno de los territorios indígenas persiste la práctica del ejercicio de su propia justicia.

Sin embargo, la revolución del 52 impone la sindicalización en el área rural, pese a que, con la eliminación de las haciendas, ya no existía el pongueaje y la servidumbre hacia los patrones, se viene sindicalizando en todas las comunidades, aunque no tengan esa relación obrero-patronal.

Por otro lado, este proceso de sindicalización ha empezado a borrar todo vestigio de organización propia de los ayllus y markas y recién a partir de la década de los años 80 con la creación del Consejo de Ayllus y Markas del Qullasuyu (CONAMAQ) en la región andina, empieza a resurgir la reconstitución de los territorios indígenas, que implicaba la reposición de autoridades propias como los jilaqatas, mallkus, jilankus, etc., quiénes, además de cumplir sus funciones históricas, deberían también administrar su propia justicia.

Durante el presente siglo, en Bolivia surge una nueva Constitución Política del Estado que incorpora como uno de los elementos más importantes, a la justicia indígena originaria campesina, que en su título III del Órgano Judicial y Tribunal Constitucional Plurinacional, con toda precisión señala:

“Artículo 179.- II La jurisdicción ordinaria y la jurisdicción indígena originaria campesina gozarán de igual jerarquía”.

Asimismo, el artículo 30 del Capítulo Cuarto de los Derechos de las Naciones y Pueblos Indígena Originario Campesino, el parágrafo II, numeral 14 reconoce el derecho “Al ejercicio de sus sistemas políticos, jurídicos y económicos acorde a su cosmovisión”.

Por otro lado, los instrumentos internacionales como la Declaración de las Naciones Unidades sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas, que en Bolivia es a su vez Ley Nº 3760 del Estado Plurinacional de Bolivia de fecha 7 de noviembre de 2007, de forma expresa reconoce el derecho de los pueblos indígenas a conservar y reforzar sus propias instituciones, entre ellas, de forma específica las jurídicas (artículo 5).

En este contexto, en la actualidad diferentes pueblos indígenas han iniciado con la organización de consejos de justicia e implementar casas de justicia que tienen que ver con la resolución de diferentes problemas que tienen sus habitantes, pese a las limitaciones de la Ley de Deslinde Jurisdiccional.