Según tal ley, en ámbito penal la jurisdicción indígena no tiene competencia para procesos contra el Derecho Internacional, delitos de lesa humanidad, contra la seguridad interna y externa del Estado, de terrorismo, tributarios y aduaneros, de aquellos cuya vìctima sea el Estado, la trata y tráfico de personas, tráfico de armas, narcotráfico, contra la integridad corporal de niños, niñas y adolescentes, y los delitos de violación y homicidio.

En materia civil, señala que la potestad otorgada a la jurisdicción indígena no alcanza a ningún proceso en el cual sea parte el Estado a través de su administración central, descentralizada, desconcentrada, autonómica, ni con lo relacionado al derecho propietario.

Aclara que tampoco le corresponde juzgamiento de casos sobre las disciplinas jurídicas en materias relacionadas al derecho internacional público y privado, laboral y de seguridad social, tributaria, administrativa, minera y de hidrocarburos, forestal, Informática, y agraria excepto para las de derecho propietario colectivo. La competencia por razón de territorio no es clara, y por ello es semilla de conflictos.

La Ley indica que la jurisdicción indígena conoce los conflictos que histórica y tradicionalmente se aplicaron desde tiempo inmemorial bajo sus normas propias. Las normas tradicionales de las etnias que formaron parte de las Misiones Jesuíticas de Moxos y Chiquitos, antes nómadas, son de origen europeo, como muchas de las introducidas luego por las misiones franciscanas. En los Departamentos de Cochabamba, Chuquisaca y Potosí pertenecientes a la etnia quechua sus habitantes se incorporaron plenamente a la jurisdicción ordinaria.

Los antiguos procedimientos de juzgamiento originados en derecho consuetudinario son propios de algunas de las etnias amazónicas y de las unidas hasta hoy con la lengua aymara agrupadas en ayllus.