Para el senador opositor Yerko Núñez, esta comisión es "peligrosa" porque se apropia de facultades del Ministerio Público y otras instancias con la pretensión de someter a las alcaldías y gobernaciones, que no piensen como el Gobierno.

La Comisión Interinstitucional fue creada a petición del Presidente Evo Morales y está encabezada por el Ministerio de Justicia, y la acompaña la Fiscalía General del Estado, Ministerio de Gobierno, Procuraduría General del Estado, Contraloría General del Estado y la Policía Boliviana.

La comisión tiene facultades de intervenir instituciones públicas donde se identifique posibles hechos de corrupción, realizar acciones preventivas y correctivas, supervisiones en el marco de facultades regladas en las direcciones y jefaturas de las unidades de transparencia, unidades jurídicas y secretaria de finanzas.

El objetivo es fortalecer el correcto funcionamiento de estas unidades, esencialmente bajo los principios de transparencia y legalidad, todo en el marco de la Ley "Marcelo Quiroga Santa Cruz", según las notas de prensa difundidas por el Ministerio de Justicia.

A la fecha esta comisión hizo dos operativos. Primero intervino en el municipio de Quillacollo (Cochabamba) ante presuntos hechos de corrupción e hizo destituir y detener al alcalde Zacarías Jayta y al presidente del Consejo Municipal, Víctor Osinaga. Luego intervino el municipio de Riberalta (Beni) y en los próximos días se conocerán los resultados.

Para el Ministerio de Justicia, estas acciones de las instituciones que participan en las intervenciones responden a las facultades legales propias de cada una de ellas.

Sin embargo, el senador Núñez consideró que estas acciones son peligrosas porque atentan contra la autonomía municipal y departamental, poniendo en riesgo la democracia de los gobiernos locales. 

Agregó que la única intención con esta comisión es perseguir y someter a aquellos alcaldes y gobernadores que no comparten el mismo pensamiento que el Gobierno. 

Recordó que el Ministerio Público tiene facultad de investigar los actos de corrupción en instituciones públicas, por tanto, según su criterio, no había necesidad de crear otras instancias controladas por el Gobierno.

"Para eso está la Justicia, el Ministerio Público, debería ser la Fiscalía la que en caso de que haya corrupción vaya y actué en alcaldías corruptas o contra cualquier administrador público. (Pero) resulta que ahora es el Ministro (de Justicia) es el que va, toma las alcaldías y él es el que define si hay corrupción o no cuando hay otras instancias como la Contraloría, Fiscalía, el Consejo Municipal", apuntó.