Como resultado de sus numerosas luchas, así como su mayor participación en la vida política del país, los movimientos indígenas lograron incorporar en la Constitución Política del Estado (CPE), el concepto de lo plurinacional: el reconocimiento constitucional de sus derechos individuales y colectivos, sin embargo, estos preceptos aún no son cumplidos a cabalidad. 
La defensa de sus derechos (que definen y preservan su identidad cultural en un territorio determinado) les plantea nuevos desafíos que continúan impulsando sus propios procesos de reconfiguración/reconstitución de identidades con proyecciones políticas desde la articulación integral. 
Según el análisis de cuatro profesionales de Organizaciones de la Sociedad Civil (OSC), que se desenvuelven hace muchos años en la temática, la crisis se debe a la fuerte arremetida contra los territorios. Esto se da por la implementación regional de planes de desarrollo extractivista, acompañados de la construcción de mega-proyectos de infraestructura de transporte, comunicaciones y energía, así como por procesos de urbanización extensiva. 
Además del despojo de tierras a través del extractivismo, muchos indígenas viven el descalabro de sus estructuras organizativas, las cuales habrían perdido su independencia partidaria y liderazgo representativo en desmedro de las demandas y problemáticas de sus bases. 
“Las conquistas logradas están siendo severamente amenazadas a partir de la presión de otros sectores, como el privado con los megaproyectos”, afirma el director ejecutivo del Centro de Estudios Jurídicos e Investigación Social (CEJIS), Hernán Ávila. 
El CEJIS trabaja en y desde el territorio hace 40 años impulsando la legalización formal de los derechos humanos de los pueblos indígenas en Bolivia.
Para Ávila, el contexto es de mucha fragilidad en las organizaciones y los aliados de las mismas. 
“También el movimiento está fragmentado dentro de sus organizaciones con injerencia política muy fuerte. El contexto es bastante negativo a pesar de que ha habido avances en los últimos años, en este momento hemos entrado a un proceso de regresividad en cuanto a sus derechos conquistados”, señala Avila.
Para Walter Limache, coordinador nacional del Programa NINA que trabaja hace 29 años en el fortalecimiento de las organizaciones indígenas originaria campesinas en Bolivia, el reto mayor es el cumplimiento de la CPE de parte de Estado, y de parte de los pueblos indígenas la exigibilidad y cumplimiento de sus derechos a partir de la concepción de políticas públicas y de proyectos para hacer tangibles sus derechos en todos los niveles.
“(La Constitución) no se cumple. Ya que en el plan de desarrollo del gobierno central basado en el extractivismo lo que menos importa son los derechos de los pueblos indígenas, sino que más bien se constituyen en barreras para impulsar ese desarrollo, pues su presencia en los territorios impide avanzar de manera agresiva en la concreción de sus planes”, apunta Limache. 
Por su parte, el coordinador del Programa Urbano de la Unión Nacional de Instituciones para el Trabajo de Acción Social (UNITAS) Carlos Revilla, indica que la discriminación sigue siendo otro rasgo central entre las problemáticas de los indígenas. 
Un ejemplo es que los indígenas urbanos, tan solo por el hecho de haber migrado, perdieron sus derechos a la identidad, pero también a la autodeterminación en los espacios urbanos.
Según Revilla, lo que caracteriza la situación de los pueblos indígenas en la actualidad es la alta dinamicidad, es decir, se viven procesos de movilidad social no solamente vinculados a lo demográfico sino también a lo social. 
La multiactividad y la multilocalidad son problemáticas directamente relacionadas a la profunda afectación de los territorios de origen y los medios de vida de los pueblos indígenas, así como a la falta de políticas que preserven y promuevan el bienestar autónomo y sostenible en dichos territorios.
Para Revilla, el hecho de que el país es eminentemente urbano, está generando nuevos desafíos vinculados a la necesidad de constituir asentamientos urbanos inclusivos y universalmente accesibles para las diversas identidades complejas y cambiantes, particularmente las identidades indígenas. 
Esto supone también romper con la visión dicotómica que separa campo y ciudad para no descuidar la preservación y el cuidado de los territorios comunitarios y los ámbitos rurales, afectados por procesos de expansión urbana descontrolada y urbanización extensiva (inversiones y megaproyectos en ámbitos rurales).
discriminación donde las mujeres son las más vulnerables 
“El municipio cruceño no ha abierto la posibilidad de renovar sus políticas de desarrollo, aún mantiene sus proyectos bajo enfoques excluyentes que no hacen a Santa Cruz más integradora y con accesibilidad para todos, en ese ámbito las más violentadas son las mujeres indígenas que migran”, señala la activista y técnica del Programa Urbano en la ONG Desafío de Santa Cruz de la Sierra, Carola Farell.
Farell denuncia que muchas mujeres no tienen acceso a la salud gratuita y sufren de discriminación por su identidad ya que la población no indígena tiene muchos prejuicios hacia ellas. 
“Llegan a la ciudad en busca de trabajo, sin embargo, sólo se les habre la posibilidad de acceder a trabajos eventuales, trabajos del hogar en los cuales viven violencia laboral, psicológica y en muchos casos violencia sexual”, explica.
Pese al mandato de la CPE, en Santa Cruz todavía no se acepta la representación política directa en el legislativo municipal. Tampoco se contemplan planes, programas y proyectos, razón por la cual las organizaciones de indígenas urbanos están enfocadas en hacer cumplir esta representación. 
“Hemos visto la fuerte discriminación que existe, por ejemplo, contra indígenas que migran a la ciudad que cuando cometen un delito no son tratados de acuerdo al debido proceso en el marco de su identidad étnica. O el tema de la justicia para los indígenas en el ámbito urbano, no solamente en el campo jurídico sino también en el campo social es fundamental”, indica también Revilla.
Una oportunidad para re afirmarse, re constituirse y re configurarse 
Pese a las dificultades, la resistencia a la vulneración de los Derechos Humanos de los indígenas está dando lugar a reafirmarse en procesos de reconfiguración de sus identidades y reconstitución de sus territorios.
“Estas reconfiguraciones étnicas, incluyen algunos procesos aunados de en busca de la reconstitución de territorios, también de proyección política de la identidad. Lo ves en ciudades como El Alto, en tierras bajas y también en tierras altas. Por un lado, se plantean la reconstitución de sus territorios e identidades de origen, pero que también están redefiniendo, rediseñando sus propios símbolos, sus propios discursos y demandas en el marco de sus derechos y expectativas de vida”, explica Revilla.
“Estos son factores muy interesantes que se están dando en este proceso que plantean nuevas esperanzas (...) Hay iniciativas y espacios de solidaridad y resistencia que nos interpelan y nos articulan como ciudadanos urbanos y rurales y nos plantean nuevas formas de vivir en base a la experiencia indígena de la reciprocidad, el cuidado de la naturaleza, del intercambio, de la propiedad colectiva comunitaria y de su proyección hacia ámbitos urbanos”, agrega Revilla.